|
|
Vliv kultivačního média na identifikaci kvasinek rodu Cryptococcus hmotnostní spektrometrií
Jurnečková, Alena ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Stratilová, Eva (vedoucí práce)
Rod Cryptococcus je v oblasti klinické mikrobiologie znám pro svoji obtížnou identifikaci a taxonomické zařazení. Pro tuto bakalářskou práci bylo vybráno celkem 22 kmenů kvasinek rodu Cryptococcus. Větší část kmenů byla nejprve sekvenována analýzou D1/D2 domény LSU rRNA genu. Pro kultivaci byly zvoleny tři typy médií – YPD, bramborový a Sabouraudův agar. Vzorky byly upraveny dle normované metody firmy Bruker Daltonik, Chemického ústavu SAV a kombinací těchto dvou metod. Identifikace byla provedena metodou hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. Získaná spektra byla porovnána příslušným softwarem a vyhodnocena na základě specifického algoritmu. Nejvhodnější médium pro kultivaci a tedy biotypizaci s procentuálně nejvyšším skórem bylo YPD (Yeasts pepton dextrose). Naopak nejméně vhodným kultivačním médiem byl Sabouraudův agar (SA), který dosáhl nejmenší procentuální úspěšnosti dle parametrů daných algoritmem firmy Bruker Daltonik. V případě metod úpravy a aplikace vzorku dosáhla nejvyšší úspěšnosti kombinovaná metoda při použití YPD média. Výsledkem kompletní analýzy jsou dendrogramy pro jednotlivá média zobrazující genetickou podobnost kmenů kvasinek. Dendrogram znázorňuje zařazení jednotlivých kmenů do příslušných skupin. Do fylogenetické skupiny Cr. laurentii I (označení větve v dendrogramu A) byly správně zařazeny kmeny Cr. flavescens (CCY 17-3-28, CCY 17-3-30) a Cr. laurentii (CCY 17-3-2). Přestože kmen Cr. flavus (CCY 17-3-5) vykazuje podobnost s kmenem Cr. flavescens, nepatří do této fylogenetické skupiny. Do fylogenetické skupiny Cr. laurentii II (označení větve B) byly umístěny kmeny Cr. carnescens (CCY 17-3-13) a Cr. victoriae (CCY 17-3-26). Kmeny Cr. magnus (CCY 17-4-39, CCY 17-4-40) se vyznačují podobností s těmito kmeny, ale do fylogenetické skupiny II nepatří. Kmeny Cr. gastricus (CCY 17-5-1) a Cr. diffluens (nezařazený) tvoří větev s označením C. Cr. aerius (CCY 17-4-9), který byl také do této skupiny zařazen, jsme navrhli na sekvenční analýzu, neboť jeho spektrum spíše naznačuje, že se jedná o kmen Cr. diffluens. Větev dendrogramu, nesoucí označení D, obsahuje kmeny Bulleromyces albus (CCY 17-3-35, CCY 17-3-36) a Cr. saitoi (CCY 17-3-18, CCY 17-4-2). Sekvenovaný Cr. albidus (CCY 17-4-1), nesekvenovaný Cr. diffluens (CCY 17-4-13) a Cr. terreus (CCY 17-8-1) se řadí do skupiny označenou písmenem E. Vzhledem k tomu, že sekvenovaný kmen Cr. diffluens se vyskytl už ve skupině C, byl kmen CCY 17-4-13 navržen na sekvenční analýzu. Do této skupiny se řadí také sekvenovaný Cr. aerius (CCY 17-25-1), který však tvoří samostatnou větev v dendrogramu v rámci skupiny. Poslední skupinu, označenou písmenem F, tvoří Cr. macerans (CCY 17-19-3) a také kontrolní kmeny Cr. neoformans var. neoformans (CCY 17-1-4, CCY 17-1-5).
|
|
|
Sklízení mikrořas
Drozd, Jiří ; Naď, Martin (oponent) ; Lošák, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá mikrořasami a jejich vlastnostmi. V rámci práce byla provedena rešerše využívaných mikrořas a zkoumány možnosti pěstování v oblasti střední Evropy. Dále byly analyzovány metody sklízení a sušení mikrořas a proveden experiment s využitím perspektivní metody sušení sprejovou sušárnou. V rámci rešerše byly zjištěny vlastnosti a možnosti využití mikrořas. Byly zkoumány různé druhy mikrořas, jejich nutriční hodnoty a možnosti využití v rozsáhlém spektru aplikací. Zkoumány byly také možnosti pěstování mikrořas v oblasti střední Evropy, včetně využití odpadních vod a obnovitelných zdrojů energie. Analyzovány byly metody sklízení a sušení mikrořas. Byly zkoumány výhody a nevýhody různých metod, jako je například flokulace, centrifugace, a sušení sprejovou sušárnou. Experiment byl proveden s využitím metody sušení sprejovou sušárnou. Výsledky experimentu ukázaly, že tato metoda je efektivní a umožňuje dosáhnout vysoké kvality a čistoty sušených mikrořas. Práce se také zabývá možnostmi dalšího vývoje a využití mikrořas. Byly popsány možnosti využití mikrořas jako potravinových doplňků a jako alternativy k tradičním zdrojům bílkovin. Zmíněny byly také možnosti využití mikrořas v oblasti farmacie a kosmetiky. Závěrem, tato práce přinesla informace o využívání mikrořas a metodách pěstování, sklízení a sušení. Z výsledků práce lze usoudit, že mikrořasy mají velký potenciál pro další vývoj a využití v různých odvětvích průmyslu.
|
|
| |
|
|
Aplikace růstových regulátorů pro multiplikaci Vitis vinifera L. v podmínkách in vitro
Mančíková, Simona
Diplomová práce byla zpracována na téma aplikace růstových regulátorů pro multiplikaci Vitis vinifera L. v podmínkách in vitro. K pokusu byl odebrán rostlinný materiál z technického izolátu ZF Mendelu v Lednici. Byly vybrány čtyři odrůdy révy vinné (´MT´ 25/7, ´PM´ 20/52, ´CR2´ 1/48, ´K 5BB´), které byly po založení primární kultury multiplikovány na vybraných médiích. Všechny odrůdy byly kultivovány při stejných teplotních a světelných podmínkách. Pro založení primární kultury bylo u všech odrůd zvoleno MS médium v kombinaci s BA (0,7 mg.l-1) a IAA (0,1 mg.l-1), pH bylo upraveno na hodnotu 5,8. Nejlepších výsledků po založení primární kultury vykazovala odrůda ´CR 2´ 1/48. U ostatních odrůd (´MT´ 25/7, ´PM´ 20/52 a ´K 5BB´) bylo sledováno napadení houbovými a bakteriálními infekcemi, vitrifikace, neprorůstání prýtů a nekrózy jednotlivých segmentů. Odrůda ´CR2´ byla po založení primární kultury multiplikována na pěti médiích; DKW v kombinaci BA (0,6 mg.l-1), IBA (0,01 mg.l-1), MS v kombinaci BA (3,0 mg.l-1), NAA (0,2 mg.l-1), C2D v kombinaci BA (1,5 mg.l-1), MS obohacené o BA (1,5 mg.l-1), IBA (1,0 mg.l-1) a LQ v kombinaci BA (0,4 mg.l-1) a NAA (0,01 mg.l-1). Výsledky diplomové práce hodnotí zdravotní stav a úspěšnost explantátů na jednotlivých médiích a propočítávají multiplikační koeficient. Vyhodnocen byl i nárůst nově vzniklých výhonů v jednotlivém pasážování celého experimentu. Nejlépe vyhovujícím médiem pro multiplikaci révy vinné v podmínkách in vitro, bylo vyhodnoceno C0 médium. Nejmenší průměrný počet vzniklých výhonů a zároveň i nejhorších výsledků bylo dosaženo na C1 médiu.
|
|
|
Využití meristémových kultur ve šlechtění česneku kuchyňského (\kur{Allium sativum})
ŠVEHLOVÁ, Eva
Diplomová práce se zabývá využitím meristémových kultur ve šlechtění česneku kuchyňského (Allium sativum). Jako výchozí materiál byl použit česnek kuchyňský, odrůda Tantal. Zdravotní stav česneku, před izolací meristémů, byl testován pomocí imunologické metody ELISA (Enzyme-Linked Immuno-Sorbent Assay) známé také jako EIA (Enzyme Immunoassay). Jedná se o metodu sloužící k detekci protilátek a antigenu. Zdravotní stav byl testován na přítomnost virů žluté zakrslosti cibule (OYDV Onion Yellow Dwarf Virus) a na virus rodu Carlavirus (GCLV Garlic Common Latent Virus). Viruprostý materiál byl dále vysterilizován, kultivován a následně z něj byl odebrán meristém. Kultivace vyizolovaného meristému probíhala podle dostupných metodik na kultivačním médiu MS s vitamíny obohacené o fytohormony IAA, NAA a BAP.
|
|
|
Optimalizace kultivačního média HEK293 buněčné linie
Čuperková, Romana ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Šácha, Pavel (oponent)
HEK293 je lidská buněčná linie odvozená z embryonálních buněk ledvin a je často využívaným systémem pro výrobu rekombinantních proteinů. Tato práce se zabývala optimalizací složení bezsérového média pro HEK293S a HEK293T linie za účelem náhrady drahých komerčních médií. Indikátorem byl růst kultury a exprese reportérových proteinů SEAP a GFP. Podařilo se mi vytvořit nové médium, které mimo jiné obsahovalo insulin (1 mg/l), transferin (5 mg/l) a směs stopových prvků. Při kultivaci ve směsi komerčního média EX-CELL 293 s mým novým médiem se buňky linie 293S množily rychleji než v komerčních médiích (doba zdvojení 20,47 ± 2,68 hodin (srel = 13,1 %)). Zdá se, že je nové médium vhodné také pro transfekci HEK293 linií a poskytuje relativně vysokou expresi rekombinantních proteinů. Transfekční poměr DNA:PEI (w/w) pro toto médium je 1:2 až 1:3.
|
|
| |
|
|
Vliv kultivačního média na identifikaci kvasinek rodu Cryptococcus hmotnostní spektrometrií
Jurnečková, Alena ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Stratilová, Eva (vedoucí práce)
Rod Cryptococcus je v oblasti klinické mikrobiologie znám pro svoji obtížnou identifikaci a taxonomické zařazení. Pro tuto bakalářskou práci bylo vybráno celkem 22 kmenů kvasinek rodu Cryptococcus. Větší část kmenů byla nejprve sekvenována analýzou D1/D2 domény LSU rRNA genu. Pro kultivaci byly zvoleny tři typy médií – YPD, bramborový a Sabouraudův agar. Vzorky byly upraveny dle normované metody firmy Bruker Daltonik, Chemického ústavu SAV a kombinací těchto dvou metod. Identifikace byla provedena metodou hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. Získaná spektra byla porovnána příslušným softwarem a vyhodnocena na základě specifického algoritmu. Nejvhodnější médium pro kultivaci a tedy biotypizaci s procentuálně nejvyšším skórem bylo YPD (Yeasts pepton dextrose). Naopak nejméně vhodným kultivačním médiem byl Sabouraudův agar (SA), který dosáhl nejmenší procentuální úspěšnosti dle parametrů daných algoritmem firmy Bruker Daltonik. V případě metod úpravy a aplikace vzorku dosáhla nejvyšší úspěšnosti kombinovaná metoda při použití YPD média. Výsledkem kompletní analýzy jsou dendrogramy pro jednotlivá média zobrazující genetickou podobnost kmenů kvasinek. Dendrogram znázorňuje zařazení jednotlivých kmenů do příslušných skupin. Do fylogenetické skupiny Cr. laurentii I (označení větve v dendrogramu A) byly správně zařazeny kmeny Cr. flavescens (CCY 17-3-28, CCY 17-3-30) a Cr. laurentii (CCY 17-3-2). Přestože kmen Cr. flavus (CCY 17-3-5) vykazuje podobnost s kmenem Cr. flavescens, nepatří do této fylogenetické skupiny. Do fylogenetické skupiny Cr. laurentii II (označení větve B) byly umístěny kmeny Cr. carnescens (CCY 17-3-13) a Cr. victoriae (CCY 17-3-26). Kmeny Cr. magnus (CCY 17-4-39, CCY 17-4-40) se vyznačují podobností s těmito kmeny, ale do fylogenetické skupiny II nepatří. Kmeny Cr. gastricus (CCY 17-5-1) a Cr. diffluens (nezařazený) tvoří větev s označením C. Cr. aerius (CCY 17-4-9), který byl také do této skupiny zařazen, jsme navrhli na sekvenční analýzu, neboť jeho spektrum spíše naznačuje, že se jedná o kmen Cr. diffluens. Větev dendrogramu, nesoucí označení D, obsahuje kmeny Bulleromyces albus (CCY 17-3-35, CCY 17-3-36) a Cr. saitoi (CCY 17-3-18, CCY 17-4-2). Sekvenovaný Cr. albidus (CCY 17-4-1), nesekvenovaný Cr. diffluens (CCY 17-4-13) a Cr. terreus (CCY 17-8-1) se řadí do skupiny označenou písmenem E. Vzhledem k tomu, že sekvenovaný kmen Cr. diffluens se vyskytl už ve skupině C, byl kmen CCY 17-4-13 navržen na sekvenční analýzu. Do této skupiny se řadí také sekvenovaný Cr. aerius (CCY 17-25-1), který však tvoří samostatnou větev v dendrogramu v rámci skupiny. Poslední skupinu, označenou písmenem F, tvoří Cr. macerans (CCY 17-19-3) a také kontrolní kmeny Cr. neoformans var. neoformans (CCY 17-1-4, CCY 17-1-5).
|
host ::
RSS.